Explorer le microcosme intérieur

Vous pouvez ne pas le sentir, mais de nombreux aspects de votre vie sont contrôlés au niveau microscopique. Un nombre important d’études conduites ces dernières décennies ont démontré que nous possédons tous une colonie personnelle de bactéries ayant une grande influence sur notre poids, notre humeur, notre métabolisme, notre fertilité et notre tendance à la maladie.

Les différentes zones microbiennes de notre organisme forment notre microbiome. La majorité de ces bactéries – représentant entre 1,5 et 2,5 kg – vivent dans notre intestin, mais nos autres organes ont également leur propre groupe de microbes.

Les humains ne sont pas les seuls êtres vivant de concert avec les bactéries, chaque plante et animal sur Terre le faisant. Il s’agit de la nouvelle science de l’hologénome – un concept dans lequel tous les organismes sont reliés entre eux par un réseau microbien complexe, par des moyens que nous commençons seulement à comprendre.

Dans son nouveau livre « Le microcosme intérieur : L’évolution et l’extinction de l’hologénome », le Dr Bill Miller s’intéresse aux résultats des recherches récentes sur notre relation avec la vie microbienne, et comment les modes de vie modernes l’ont modifiée en mal.

Epoch Times s’est entretenu avec le Dr Miller sur ce qu’il a appris et étudié sur le microbiome, et sur comment les bactéries font tout autant partie de notre organisme que nos cellules humaines.

ET : Vous dites que la recherche sur le microbiome a changé la façon que nous avons de nous voir nous-mêmes. En quoi est-ce le cas ?

Dr Miller : Nous pensions être une entité vivante singulière. Je regarde dans le miroir et je vois Bill Miller, et je suis donc un seul être, pas vrai ? Eh bien, cela pourrait être vrai par rapport à comment je me considère. Mais si nous examinons réellement ce que nous sommes métaboliquement et immunologiquement sous un microscope, nous verrons que nous sommes une combinaison de microbes et de nos propres cellules. C’est cette combinaison qui nous permet de survivre. Nous en dépendons.

Nous sommes donc une sorte d’assemblage de vie liée ensemble de telle façon que nous nous considérons comme un seul être.

La quantité de cette vie microbienne est impressionnante. Elle fait dix fois le nombre de cellules de notre corps. Je sais que cela paraît impossible mais c’est la stricte vérité. Nous ne le sentons pas. Nous ne savons pas qu’elle est là. Nous ne savons pas qu’elle agit. Mais nous commençons maintenant, aussi bien en sciences qu’en médecine, à comprendre que nous sommes une combinaison de ces choses – ce microbiome.

Ce microbiome est du reste très différent dans chaque région de notre corps. Le microbiome de notre intestin est différent du microbiome de notre système respiratoire. Le facteur compliquant est qu’ils sont tous liés entre eux.

ET : L’une des idées ayant émergé de notre compréhension du microbiome s’apelle l’hypothèse de l’hygiène. Pouvez-vous nous expliquer de quoi s’agit-il ?

Dr Miller : L’hypothèse de l’hygiène se présente ainsi : nous vivons une forme différente d’association avec les microbes que nous le faisions dans le passé. Nous n’avons pas moins de microbes, nous avons des microbes différents.

Les gens avaient par exemple l’habitude de vivre dans des fermes. Ils vivaient dans une association intime avec la terre et la boue. Ils jouaient avec les animaux de ferme, et dormaient à cinq dans le même lit. C’est une expérience différente de ce que nous avons maintenant. Notre culture de la propreté change les populations de microbes avec lesquels nous sommes en contact. Nous apprenons seulement maintenant les nuances de cet équilibre.

Deuxièmement, nous utilisons des antibiotiques. Il s’agit d’un phénomène humain moderne. Jamais au cours de l’histoire de notre évolution nous sommes nous administré des médicaments antibiotiques dans notre corps et dans la chaîne alimentaire comme nous le faisons maintenant. Les antibiotiques sont l’unes des grandes découvertes de l’histoire de l’humanité, mais ils ont également des effets négatifs.

J’en suis venu à ne pas prescrire d’antibiotiques à moins qu’ils ne soient nécessaires. Mais je vais dire qu’en tant que médecin, vous êtes toujours sous pression pour prescrire des antibiotiques. Vos patients les demandent car les antibiotiques soignent. Les médecins en donnent généralement car même si le patient n’en a pas besoin, ils pensent que cela ne peut pas vraiment faire de mal.

Le problème est que cela fait du mal de façon subtile. Cela dérange l’équilibre microbien. Ce sont des antibiotiques à large champ d’action. Ils ne sont pas efficaces que pour une bactérie, ils affectent différents types de bactéries, et l’équilibre se perd.

Selon l’hypothèse de l’hygiène, notre notion moderne de l’hygiène et les médicaments antibiotiques ont changé les types de bactéries avec lesquels nous sommes en contact. Avec le temps, nous devrons nous rendre compte que beaucoup des traitements que nous pensions être efficaces ne le sont pas, et que d’autres traitements que nous pensions ne pas être bons, le sont en réalité.

Je vais vous donner un exemple explicite : les voyages en mer et les norovirus. Cela déséquilibre le système gastro-intestinal des personnes. L’équipage est restreint car il doit rentrer tôt au port, et doit désinfecter le navire. Si vous allez sur un navire, vous verrez partout des distributeurs de solution hydro-alcoolique. Le problème est que, non seulement la solution hydro-alcoolique n’est pas efficace, mais les recherches faites en laboratoire montrent maintenant qu’elle peut en fait répandre les norovirus.

ET : Comment notre compréhension du microbiome a-t-elle changé notre façon de traiter la maladie ?

Dr Miller : Nous nous dirigeons vers une nouvelle ère de la médecine où nous traiterons certaines infections en administrant différents microbes afin de pouvoir rétablir l’équilibre. Cela est déjà appliqué.

Ce n’est pas de la science-fiction – cela a déjà été fait, et nous le ferons de plus en plus en le comprenant mieux dans le futur. Les traitements pour l’allergie et l’asthme pourraient être un ensemble de probiotiques.

Nous n’en sommes pas encore là, mais il s’agit de la ligne de raisonnement que nous commençons à suivre. Nous savons maintenant que nous devons voir ces questions d’une façon différente que dans le passé.

La médecine ne consiste actuellement qu’en des pilules et des procédures chirurgicales. Tout est question d’agir. Faites sortir cela. Donnez leur une pilule pour bloquer ceci. Nous nous en sommes servis pendant un long moment. Mais nous devrons être plus nuancés en médecine. Il s’agira d’une sorte de philosophie orientale – un équilibre des forces. Nous devons rétablir des équilibres dont nous ne connaissions même pas l’existence auparavant.

ET : L’une des maladies modernes que vous évoquez en rapport avec le microbiome est l’augmentation des allergies alimentaires. Comment un changement dans l’équilibre des bactéries peut-il l’influencer ?

Dr Miller : Notre expérience avec l’asthme et les allergies de toutes sortes est liée à cette balance critique des bactéries. L’incidence des allergies et de l’asthme est plus élevé dans les pays industrialisés que dans les pays non-industrialisés – et c’est une bonne preuve que le nombre actuel d’allergies, et des allergies alimentaires en particulier, est plus élevé qu’il ne l’était dans le passé.

Vous pouvez demander à n’importe qui de mon âge (je suis dans la soixantaine), je n’ai jamais connu personne avec une allergie étant jeune. Mais maintenant, vous faites un dîner et vos invités vous disent : « Je suis allergique aux tomates, aux champignons et aux concombres ». Leurs enfants ne peuvent pas manger ci ou ça.

Notre sens de l’hygiène change en fonction des types de microbes avec lesquels nous sommes en contact. Certains de ces microbes sont vitaux pour nous. D’autres ne sont pas vraiment vitaux, mais changent la façon dont nous vivons le stress. Les allergies sont une réponse aux stress immunologiques. Les gens ne les considèrent pas en ces termes, mais c’est exactement ce dont il s’agit. Vous avez un stress, votre système immunitaire réagit. Vous avez une réaction allergique. Votre corps vous dit qu’il y a là quelque chose d’étranger dont il ne veut pas.

Une des choses que la plupart des gens ne comprennent pas à propos du microbiome est le transfert constant d’information. La plupart des gens ne pensent pas à leurs cellules comme des agents de transfert de la vie microbienne.

Nous dispersons en permanence des microbes. Ces microbes sont ensuite récupérés par les plantes. Lorsque nous ingérons des plantes, nous ingérons de nouveau ces microbes. Il s’agit d’un cycle écologique très compliqué dont nous sommes à la fois participants et bénéficiaires. Dans le cas d’une allergie aux noix, les noix sont un produit de la vie holobiomique – elles ne peuvent exister que parce qu’elles ont un groupe propre de microbes qui permet la fixation du diazote et d’autres choses dont un fruit a besoin. Elles ont leur propre part microbienne et nous avons la nôtre.

Les microbes dans votre intestin font partie de votre écologie. C’est la part de nous qui fait réagir négativement notre système immunitaire en fournissant des antigènes que notre système immunitaire peut sentir.

Les microbes dans notre intestin envoient également d’autres signaux. Nous savons par exemple que 90% de la sérotonine du cerveau – un modificateur de l’humeur – est produite par des microbes dans votre intestin. Vous absorbez cette part microbienne. Vos microbes contrôlent bien plus votre humeur que vous l’imaginez. C’est un peu effrayant, mais c’est la vérité telle que nous la comprenons aujourd’hui.

Ce que nous cherchons sont les associations entre les réactions allergiques et les populations microbiennes qui font partie de nous. Et nous commençons seulement à comprendre ces dernières. Il y a maintenant plus de questions qu’il n’y en avait avant, et de nouvelles voies pour la recherche. Les réponses commencent juste à arriver.

Nous allons effectuer des expériences dans lesquels seront donnés aux participants des probiotiques et des nourritures fermentées comme le kimchi, la choucroute, etc. Beaucoup de choses vont être essayées pour voir si en affectant le microbiome de l’intestin nous modifierons l’incidence des allergies alimentaires. Nous ne savons pas si ces expériences seront réussies ou non, mais il y a des idées attractives qui pourraient probablement se révéler être vraies. Dans trois ou quatre ans nous en saurons plus.

ET : Donc lorsque quelqu’un dit que la science n’a pas prouvé l’hypothèse de l’hygiène, cela ne veut pas nécessairement dire que ce n’est pas vrai. Cela veut simplement dire que cela n’a été examiné assez en détail pour déterminer si cela était vrai.

Dr Miller : Cela est vrai ou correct dans les cas que nous comprenons, mais il y a d’autres cas que nous ne savions pas étudier. Il est par exemple vrai que les antibiotiques soignent la pneumonie. Mais il est également vrai que les antibiotiques créent des problèmes. Nous dirons donc un jour : « Eh bien, nous savons par l’expérience que les meilleurs traitements pour les pneumonies sont les antibiotiques. » Cela est vrai jusqu’à un certain point, mais dans le futur, le meilleur traitement pour la pneumonie pourrait être l’aérosol d’un autre microbe permettant de restaurer l’équilibre du microbiome respiratoire.

Cela est d’ailleurs en train d’être étudié. Certains commencent à penser que la BPCO (broncho-pneumopathie chronique obstructive) n’est pas seulement due à l’affection qui touche les poumons, mais à un changement critique du microbiome du système respiratoire. Si vous l’ajustez, vous ne soignerez pas la BPCO mais le patient n’attrapera pas de pneumonie comme cela est normalement le cas.

ET : En se basant sur ce que nous savons, y aurait-il des moyens pour influencer notre microbiome de manière à mener une vie plus saine ?

Dr Miller : Avec quelque chose d’aussi compliqué que l’équilibre des forces, savez-vous sur quoi bloquent les meilleurs scientifiques ? L’individu. Chacun de nous est fortement individualisé. Pas seulement en raison de nos caractéristiques personnelles particulières que nous voyons en surface. Nous avons des différences fortement individualisées dans notre microbiome. En tant qu’humains, nous partageons certains microbes obligatoires – ceux dont nous avons besoin pour survivre. Notre système immunitaire et notre métabolisme ne fonctionneront pas correctement sans eux. Et nous devons les assembler rapidement afin de survivre.

Nous pensions autrefois que les fœtus étaient stériles. Lorsque j’étudiais à l’école de médecine, il paraissait évident que chaque fœtus, l’utérus et le liquide amniotique entourant le bébé était stérile. Mais cela s’est avéré être totalement erroné. Pourquoi ne le savions-nous pas ? Car nous utilisions des cultures, et les cultures étaient négatives. Mais ce que nous ne savions pas était que l’élevage en culture présentait moins de 10 % du nombre total de microbes que nous avons en réalité. Il s’agissait d’une terrible insuffisance technique, mais nous ne savions pas.

Lorsque quelqu’un a une infection, son analyse d’urine peut alors revenir négative. Eh bien, il peut s’agir d’une culture négative mais ne pas être stérile pour autant. Il n’y a pas de telle chose que la stérilité. Vous connaissez les chambres stérilisées de la NASA ? Ils n’envoient pas des sondes dans l’espace car elles sont stériles. Elles ne le sont pas du tout, elles sont seulement négatives en culture. Nous disposons maintenant d’une nouvelle technique appelée la métagénomique, qui nous permet d’observer les séquences de gènes, où se trouve un monde gigantesque de microbes dont nous ne connaissions pas même l’existence. Nous avons contaminé l’espace avec des microbes, mais nous ne le savons pas. Nous pensions l’avoir bien fait, mais ce n’était pas le cas.

ET : Cela me fait croire que nous ne savons même pas ce que nous faisons.

Dr Miller : C’est exactement cela. Les bons scientifiques sont humbles dans le sens où ils comprennent que le mieux qu’ils puissent faire est un peu mieux que ce que nous savions auparavant, et nous ne savons pas grand-chose. Mais nous sommes pleins d’hubris, de démesure. Les humains ne sont pas un groupe modeste. Nous avons un sens très large de nous-mêmes. Mais la science rend humble. Lorsque vous commencez une voie d’apprentissage et de réflexion sur la science, vous voyez comme ce que nous connaissons est peu. Nous faisons des choses remarquables. Les humains ont accompli certaines choses très remarquables et de nombreuses autres sont à venir.

ET : La notion de microbiome rend modeste. Le fait que je suis composé de 10 fois plus de microbes que de cellules humaines est impressionnant.

Dr Miller : Voici un fait intéressant qui a récemment été découvert par un groupe de chercheurs français : savez-vous ce qui décide de quand nous sommes arrivés à satiété ? Nos microbes. Lorsque les microbes dans notre estomac atteignent un point où ils sont satisfaits avec la nutrition qu’ils ont reçu, ils commencent à émettre une protéine de la satiété. Vingt minutes après que nous ayons commencé à manger, des signaux chimiques arrivent dans notre cerveau et nous disent : « Ok, nous en avons eu assez. »

Nous pensions que cela venait des cellules de notre estomac, et qu’elles fabriquaient les protéines disant au cerveau que nous sommes arrivés à satiété. Certaines des cellules de notre estomac y participent, mais la grande majorité de ces signaux chimiques viennent des microbes dans notre estomac, et quand ils sont à satiété, vous êtes à satiété.

ET : Vous avez mentionné plus tôt que nos microbes influencent également notre humeur. Cela me fait réfléchir : quels autres aspects de nous-mêmes sont-ils en fait le microbiome en action ?

Dr Miller : Eh bien, nous devons changer notre cadre de référence. Quand je dis «mes microbes », ils sont également moi. Nous devons dépasser cet aspect de nos ou leurs. C’est une ancienne façon de penser. Il ne s’agit pas d’une relation d’hôte et d’invité. C’est un nous consensuel. Mes microbes font partie de moi. Nous sommes un assemblage de toutes ces choses combinées.

Quels aspects de notre vie influencent-ils ? Tous. Quels aspects nos cellules intérieures nous influencent-elles ? Également tous.

Permettez-moi d’illustrer ce point. J’utilise cela avec mes amis médecins et cela les aide à commencer à voir les choses différement. Si quelqu’un a sa rate ou son appendice retirée, il pourra continuer à vivre. Néanmoins si j’enlève tous les microbes de votre intestin, vous serez mort en un jour. Quelle est alors la part la plus importante ? Laquelle est l’organe ?

La bonne façon de considérer le microbiome est de le voir comme un système d’organes accessoires qui font autant partie de vous que votre foie, votre rate ou votre poumon. C’est une notion compliquée, mais qui est une réalité pour toute la vie animale et végétale dans ce monde. Il s’agit de l’hologénome. C’est ce que nous sommes, nous ne savions simplement pas auparavant.

ET : Lorsque je dis « cellules humaines », c’est donc une définition limitante de ce qui m’est en réalité essentiel.

Dr Miller : C’est correct, mais je vais le rendre encore plus compliqué.

Par exemple, vous sommes né, puis êtes devenu enfant, et êtes passé à l’âge adulte. Vous changez toujours mais votre manifestation – votre vous physique – est différent à chaque point dans le temps. Nous acceptons que nos systèmes hormonaux changent. Je suis différent avant la puberté que je ne le suis après la puberté et au fur et à mesure que je vieillis ma testostérone chute, et ainsi de suite. Les gens comprennent qu’il y a des marqueurs hormonaux de la vie. Ils passent par différents stades de développement, ils ont des changements hormonaux, les femmes passent par la ménopause.

Nous acceptons que nos cellules passent par un arc de vie. Il en va de même pour notre microbiome. Ce sont des zones qui doivent constamment être là. Ce sont des arcs qui vont et viennent. C’est la partie de l’équilibre qui change. Toute cette recherche nécessite la compréhension que tout ceci est un arc de vie en mouvement, se recouvrant simultanément. Il est toujours en mouvement. Il n’y a jamais de stase ou de repos. C’est une très belle notion.

Le microbiome est autant vous que l’est votre foie, mais il est en fluctuation. Tout comme vos niveaux d’hormones personnelles sont en fluctuation, et que vos humeurs sont en fluctuation. Nous sommes fondamentalement un assemblage en mouvement de cette vie unifiée.

Il s’agit d’une notion difficile, mais une fois que votre esprit commence à la saisir, c’est une très belle chose. Même lorsque que nous mourrons, nous ne faisons que changer. Cela fait partie de l’arc. Lorsque nous mourrons, nos cellules ne sont pas toutes parties. Elles sont consumées. Elles sont transformées. Vous les avez perdu durant toutes votre vie. Comment les chiens de chasse suivent-ils une odeur ? Par les pertes de cellules. Ce sont des choses qui nous sont invisibles, mais nous sommes un centre en fluctuation et participons à cette grande expérience de la diversité. Nous y contribuons en permanence. Nous sommes au service de l’écologie extérieure, alors que nous ne pouvons pas voir ce que nous sommes.

ET : Il semble que beaucoup de notre vie se déroule à un niveau que nous ne pouvons pas voir.

Dr Miller : La plupart. Cela m’a pris toute une vie pour apprendre que notre incarnation physique est une illusion réconfortante et très subtile. Nous ne sommes pas ce que nous pensons être. Pas même proche de cela. Mais c’est une chose merveilleuse de pouvoir croire que nous sommes comme nous paraissons l’être. C’est un miracle.

Version anglaise : Exploring the Microcosm Within