Des scientifiques de Chine continentale ont découvert une nouvelle souche de coronavirus, le HKU5-COV-2, chez les chauves-souris. Ce virus utilise la même protéine de surface cellulaire pour pénétrer dans les cellules humaines que le virus SARS-CoV-2, responsable du Covid-19.
L’étude, publiée dans Cell en février, indique que si cette découverte soulève des inquiétudes quant à la capacité du HKU5-COV-2 à infecter l’homme, il n’infecte pas les cellules humaines aussi facilement que le SARS-CoV-2.
L’équipe de recherche comprenait des scientifiques de l’Institut de virologie de Wuhan, du laboratoire de Guangzhou, de l’université de Wuhan et d’autres institutions continentales. L’un des auteurs, Shi Zhengli, est l’ancienne directrice du Centre de recherche sur les maladies infectieuses émergentes de l’Institut de virologie de Wuhan. Début 2020, Mme Shi a publié un article identifiant l’agent pathogène à l’origine du Covid-19. L’Institut de virologie de Wuhan, et Mme Shi en particulier, ont fait l’objet d’une surveillance mondiale, car on craignait que l’épidémie n’ait été déclenchée par une fuite de virus du laboratoire.
Invasion de cellules comme le Covid-19
Lin Xiaoxu, expert américain en virologie et ancien directeur d’un laboratoire de virologie à l’Institut de recherche de l’armée américaine, a déclaré lors de l’émission « Health 1+1 » que le nouveau virus appartient au même sous-genre de coronavirus Merbecovirus que le virus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), mais qu’il envahit les cellules d’une manière totalement différente.
Ce qui inquiète M. Lin, c’est que le nouveau virus, comme le virus du Covid-19 (SARS-CoV-2), utilise les récepteurs ACE2 comme principal moyen d’envahir les cellules. Les récepteurs ACE2 sont largement répartis à la surface des cellules de plusieurs organes, tels que les poumons et les intestins. C’est l’une des raisons pour lesquelles le virus du Covid-19 s’est propagé rapidement et a déclenché une pandémie.
En outre, la protéine spike du virus possède un site de clivage de l’enzyme Furin, qui peut favoriser la fusion cellulaire et accroître l’infectivité du virus. Cette caractéristique a également été trouvée dans le virus du Covid-19 et lui permet de pénétrer beaucoup plus facilement dans les cellules hôtes et de s’y répliquer rapidement.
L’origine du nouveau virus est inconnue
Les échantillons du nouveau virus détectés dans le cadre de l’étude provenaient de chauves-souris présentes dans de nombreux endroits en Chine, mais leur origine exacte n’a pas été révélée. M. Lin a déclaré : « En général, si vous découvrez un nouveau virus, vous devez indiquer clairement d’où il provient. Par exemple, s’il s’agit d’une chauve-souris et qu’elle vient du Fujian, il se peut que les habitants du Fujian soient exposés à un risque ; s’il s’agit d’une chauve-souris trouvée dans une grotte du Yunnan, les habitants du Yunnan doivent être avertis du risque qu’ils courent. Ou s’agit-il d’une espèce créée par l’homme à la suite d’un effort de recombinaison en laboratoire ? Cette question doit être clarifiée. »
Selon M. Lin, la séquence génétique du nouveau virus et celle du MERS-CoV présentent une « variation notable ». Il espère pouvoir télécharger la séquence génétique complète pour la comparer et déterminer si le virus a été traité artificiellement ou recombiné.
Les recherches antérieures menées par l’équipe de Mme Shi à l’Institut de virologie de Wuhan consistaient à recombiner des virus existants pour accroître leur infectivité, une approche très controversée. Par exemple, en 2015, l’équipe de Mme Shi a publié un article dans Nature Medicine décrivant ses travaux sur la recombinaison du coronavirus de chauve-souris en un virus capable d’infecter les cellules humaines et doté d’une forte capacité de réplication.
S’inquiéter des épidémies locales
En ce qui concerne l’affirmation de l’équipe de recherche qui prétend que le nouveau virus n’est pas aussi apte à infecter l’homme que le virus du Covid-19, M. Lin a affirmé que le niveau de menace du virus était relatif. Bien que le virus ne puisse pas provoquer une épidémie mondiale comme le Covid-19, il pourrait tout de même représenter un risque considérable s’il se propageait localement, comme le MERS-CoV l’a fait auparavant.
Progrès récents dans la recherche sur les coronavirus
M. Lin a indiqué que de nombreux articles relatifs aux coronavirus des chauves-souris ont été publiés depuis le mois d’octobre. Ces articles ont été publiés par plusieurs équipes de recherche, dont celle de Mme Shi à l’Institut de virologie de Wuhan, l’équipe de M. Yan Huan à l’université de Wuhan, et des équipes de recherche de Seattle et d’autres villes des États-Unis.
L’un des articles publiés dans Cell mentionne également que deux nouveaux coronavirus ont été découverts chez des chauves-souris en Russie et aux Pays-Bas, utilisant les récepteurs ACE2 pour faciliter l’invasion des cellules, mais le fournisseur de ces échantillons n’a pas été clairement identifié.
In the latest issue! Bat-infecting merbecovirus HKU5-CoV lineage 2 can use human ACE2 as a cell entry receptor https://t.co/M1gxC8PrCa
— Cell (@CellCellPress) April 2, 2025
Un autre article, fruit d’une collaboration entre l’équipe de M. Yan de l’université de Wuhan et celle de Mme Shi et d’autres, également publié dans la revue Nature en octobre, évoque le concept de « récepteurs de coronavirus personnalisés ». Il mentionne la possibilité de concevoir des récepteurs correspondants basés sur des protéines présentes à la surface du virus, ce qui permettrait à ce dernier d’infecter des cellules qui, autrement, ne pourraient pas s’y introduire.
Selon M. Lin, les « récepteurs personnalisés » sont bénéfiques pour la recherche sur les virus, car ils permettent d’accélérer la mise au point d’anticorps ou de vaccins. Cependant, le risque est tout aussi évident, car ils pourraient être utilisés pour accroître l’infectivité de virus dangereux. Par exemple, un virus incapable à l’origine d’infecter les cellules cérébrales pourrait être modifié par l’ajout d’un récepteur personnalisé à la lignée de cellules cérébrales in vitro, ce qui permettrait au virus de pénétrer dans ces cellules et de s’y répliquer. Après plusieurs générations, ce processus pourrait potentiellement conduire à l’émergence d’une variante de virus adaptée pour infecter les cellules cérébrales.
Les études sur les gains de fonction augmentent les dangers
M. Lin craint que la technologie des « récepteurs personnalisés » ne soit utilisée pour la recherche sur le gain de fonction des virus, ce qui pourrait conduire à la mise au point de virus capables d’infecter plusieurs espèces ou d’améliorer l’évasion immunitaire.
« Il y a toujours des scientifiques un peu fous qui aiment travailler sur la fonctionnalité et faire de la recherche sur des virus dangereux. Et comment savoir où et quand un tel virus ‘amélioré’ se répandra dans la nature ? Il y a tout simplement trop de choses impossibles à prévenir. »
Pour M. Lin, l’homme est confronté à des menaces provenant à la fois de la nature et de lui-même. Par exemple, des catastrophes sont causées par des inondations dans la nature, mais si elles sont imputables à la création par l’homme d’un barrage douteux, une fois l’inondation survenue, la catastrophe provoquée par la rupture du barrage sera bien plus grave. C’est pourquoi il s’est dit préoccupé par la situation actuelle et a estimé que la prochaine épidémie de grande ampleur pourrait survenir dans un avenir proche.
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